6月18日晚11:50分，深圳卫健委通报，深圳市新报告2例新冠肺炎确诊病例，其中一例为深圳宝安国际机场某餐厅服务员朱某。
通报称，市疾控中心已完成朱某的新冠病毒基因测序，证实朱某携带的病毒与CA868国际航班输入的3例阳性病例和6月14日报告的确诊病例姜某完全同源，均为Delta变异株（B.1.617.2）。
界面新闻于18日上午通过知情人士获取到深圳机场防控办《异常快报》，快报显示，6月17日核酸检测结果异常样本中一名人员经复核确认阳性，该名人员系机场航站楼西指廊内一家餐饮单位的服务人员。
快报还表示，深圳机场已部署所有进入机场工作区域包括航站楼、航空公司基地、货运经营库区等区域的人员必须出示48小时有效核酸检测阴性证明；关闭所有航站楼内所有商铺，即刻开展机场全员第三次全面核酸筛查。
56名在阳性人员工作餐厅就餐员工安排就地或者居家隔离，等待后续指令。阳性人员所乘坐交通工具已经过排查，要求立即停止使用，并组织全面消杀，相关同车人员正在排查中。
与此同时，深圳机场市场发展部也向各航空公司营销委发布《关于商请提供近三天深圳出港航班旅客信息的函》，函件称，因疫情防控需要，请各单位在6月18日20：00前整理提供近三天（6月15日-6月17日）从深圳机场出港的国内航班旅客信息。
就在4天前，深圳机场已有一名工作人员确诊。6月14日，深圳市南山区疫情防控指挥部通报，姜某，深圳宝安机场海关工作人员，主要负责国际航班入境旅客的流行病学调查工作，经市疾控中心复核为阳性，即转送至市第三人民医院应急院区隔离治疗，判定为新冠肺炎确诊病例。
6月15日，深圳市疾控中心完成了6月10日CA868航班曾报告的3例境外输入阳性病例和姜某的新冠病毒基因测序，4例的结果100%同源，均为新冠病毒Delta变异株，可判定姜某为6月10日国航CA868航班境外输入确诊病例的关联病例。
6月16日，民航局向国航CA868航班（约翰内斯堡至深圳）发出熔断指令，立即暂停其运行4周，熔断的航班量不得用于其他航线。
因该名海关人员工作范围处于国际航班进出港区域，疫情背景下，机场以国内航班运行为主，国际进出港本身人流量较为稀少，未对深圳机场运行造成严重的影响。
而朱某所工作的餐饮店的位于机场航站楼西指廊，主要服务国内出发旅客，对深圳机场航班运行造成较大影响。
据航班管家消息，深圳宝安机场航班取消量明显高于历史数据：截至6月18日14:30，取消进出港航班共计244架次（不含提前取消即48小时之前取消的航班），共计取消率达到27.02%。其中取消进港航班122架次，取消率14.91%，取消出港航班122架次，取消率14.91%。
深圳机场方面表示，机场正结合现有保障能力，评估航班保障水平，后续可能需要对航班量进行削减。
6月18日晚间，多家航空发布涉及深圳航线客票特殊退改签政策。吉祥航空方面称，为做好疫情防控工作，协助受疫情影响旅客更好地安排出行计划，现发布涉及深圳进出港航线客票免收退票及改期手续费的提示。
凡在6月18日20时（含）前购买，行程涉及深圳机场进出港（含经停）吉祥实际承运航班及使用HO航班号的代码共享航班，旅行日期为6月18日（含）至7月4日（含）的018开头国内客票，在客票有效期内，可以免费办理一次非自愿变更航班日期，或办理非自愿退票，免收退票手续费。
天津航空表示，根据深圳防疫政策，经研究决定，特调整发布6月18日（含）前已购天津航空涉及深圳进出港国内航班票务处理规定的通知。
适用范围为6月18日（含）之前已购买且乘机日期为6月14日（含）至7月15日（含）的国内客票。在航班起飞前已取消订座的客票，可至原购票地办理免费退票业务，不收取退票费；在航班起飞前已取消订座的客票，可免费变更至7月15日（含）之前，同航线、同服务等级航班一次。